いくつもありますが、個人的なおすすめはScilabです。長く開発が続いており、完成度が高くなってきています。ただし、MATLABと違うところも多いので、なれるのに少し時間が必要です。
OctaveはMATLABクローンとして使うのであれば、一番近いです。MATLABのプログラムは容易にOctaveは移行できるでしょう。ただ、統合環境がないことと、追加できるToolboxに乏しい点に不満を感じることがあるかもしれません。
Freematは統合環境もあり、完成度が高く感じられますが、基本的な機能がまだ揃っていないところがあるようです。まだ開発途上なのですが、最近更新の速度が遅くなっているのが残念です。
SciPyはPythonになじみがある人にとっては良い選択肢だと思います。今風な言語でMATLAB的なことができるのは大きなメリットです。

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