基本的に外科的手術は必要ない。
 胃アニサキス症であれば内視鏡的に虫体の摘出を行う。ただし1匹とは限らないので入念に観察する必要がある。腸アニサキス症では、摘出は不可能であるので対象療法のみとなる。ときに小腸壁が肥厚し腸閉塞症状をきたすこともあるがこれも対症療法で十分であり、閉塞を解除するための小腸切除は必要ない。1週間以内に虫体は死亡し吸収され、症状は緩和する。
 ときに虫体が腸壁を貫き、腹膜炎症状が強くなる場合があり、こういった場合には手術が必要となることがあるが、自然経過にて軽快した報告例*もある。
 *開腹手術中に偶然みつかった好酸球性肉芽腫の報告はいくもあり、中心の核がアニサキス虫体であった報告がある。さらに経過中消失した肉芽腫の報告もあり、これなどはアニサキス虫体が死亡吸収されるにつれ周囲の炎症反応も消退したと推定される。

出典寄生虫疾患(Parasitic infection as an etiology of acute abdomen)

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