工藤新一の身体を幼児化した毒薬・APTX4869を開発した国際的犯罪組織。「黒の組織」という名称は仮称であり、正式名称は2014年現在不明である。所属する者は基本的に上から下まで黒の装束に身を包み任務を行う。組織の主な活動内容は、重要人物の暗殺、裏での金銭やプログラムソフトの取引、謎の薬の開発などである。その影響力は政界、財界、医療、科学といった各界の重鎮達にも及んでおり、その中でも特に優秀な人間を組織の一員としてヘッドハンティングしている。

組織の暗殺のターゲットとなるのは、秘密の取引相手や組織から抜け出した裏切り者をはじめ、将来的に組織の脅威となる可能性がある者である。接触は裏だけで行っていた者、直接的には組織と関連がない者であるため、基本的には暗殺者が事件の捜査の容疑者候補に浮かぶことすらない。暗殺するのは極力ターゲットのみであるが、暗殺の瞬間や証拠を目撃した者も抹殺する。途中で暗殺者の正体が露見した場合、たとえそれが組織の重要人物であろうとも迷わず抹殺するなど、現場に証拠をまったく残さず暗殺を果たすやり方をする。組織の暗殺では、ライフルや爆弾、毒薬を補助的に用いるが、基本的には拳銃(場合によってはサイレンサー付き)を用いる。

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