1809年2月12日、イングランド西部のシュロップシャー州シュルーズベリーに生まれる。

父は医師で投資家であり、裕福な家庭であった。ダーウィンは6人兄弟の5番目の子供(次男)として育つ。
母はダーウィンが8歳のときに亡くなり、3人の姉が母親代わりをつとめた。

ダーウィンは子供のころから博物学的趣味を好み、植物、貝殻、鉱物の収集を行っていた。
1818年、ダーウィンは9歳から寄宿舎校で学び、16歳のときに父の医業を助けるために親元を離れエディンバラ大学で医学と地質学を学んだ。しかし、アカデミックな内容の退屈な講義になじめず、大学を中退。

1827年、父はダーウィンを牧師にするためにケンブリッジ大学神学部に入れる。18歳のダーウィンは牧師なら空いた時間の多くを博物学に費やすことが出来ると考え父の提案を喜んで受け入れた。

ダーウィンは大学でも必修ではなかった博物学や昆虫採集に傾倒していた。
1831年、22歳で大学を卒業すると、ダーウィンは恩師の紹介でイギリス海軍の測量船ビーグル号に乗船することになる。ダーウィンの任務は、各地の地質、動植物の調査であった。

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