南極大陸に城を構えたクッパは、南極の氷を溶かして地球に洪水を起こそうとしていた。クッパはカメ一族の手下を世界各地の都市に送り込み、購入資金を確保するために各地の名物を盗ませた。
マリオ、ルイージ、ヨッシーはクッパの計画を阻止するためにクッパの城へ向かうが、マリオはクッパに囚われてしまう。ルイージはヨッシーと共にマリオを助け、世界を救わなくてはならない。

出典Mario is Missing! - ゲームカタログ@Wiki ~クソゲーから名作まで~ - アットウィキ

ただし作中で南極の氷が溶けて世界各地で洪水が起こるような緊迫したシーンは無く、ストーリーもあってないようなものらしい…

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